Depodan gelen kötü koku, genelde suyun uzun süre hareketsiz kalması, kapak açıklığından içeri kir girmesi, tabanda tortu birikmesi, iç yüzeyde kaygan tabaka oluşması ya da tesisat hattında eski su kalmasıyla ortaya çıkar. Kesin çözüm, kokunun kaynağını bulup sadece koku giderici uygulamak yerine depo, su kaynağı ve boru hattını birlikte temizlemektir. Su deposu kokusu fark edildiğinde ilk yapılacak iş, suyun ne zamandır beklediğini, kapağın tam kapanıp kapanmadığını, tabanda tortu bulunup bulunmadığını ve kokunun tüm musluklarda hissedilip hissedilmediğini kontrol etmektir. Sadece tankı boşaltmak çoğu kez kalıcı sonuç vermez. İç yüzey temizliği, dip tahliye, hat durulama, kapak yenileme ve düzenli bakım aynı plan içinde yürüdüğünde koku büyük ölçüde engellenir.
Depoda kokuya yol açan en yaygın neden durgun sudur. Su günlerce ya da haftalarca yenilenmeden beklediğinde içeride doğal bir bayatlama başlar. Tank hacmi kullanım ihtiyacından çok büyükse su sürekli taze kalmaz. Az kullanılan yazlıklar, sezonluk işletmeler, yedek amaçlı tanklar ve düşük tüketimli apartmanlarda ilgili durum daha sık görülür. Organik kalıntılar da koku üretir. Kapaktan giren yaprak, böcek, toz, kuş pisliği veya küçük canlı kalıntıları zamanla bozulur. İç yüzeyde oluşan biofilm tabakası da kötü tat ve kokuya zemin hazırlar. Biofilm, gözle her zaman fark edilmeyen kaygan bir yüzey tabakasıdır. Koku küf, toprak, çürük yumurta veya ağır nem gibi hissediliyorsa sorun sadece suyun kendisinde olmayabilir. Tesisat, hidrofor, sıcak su hattı, filtre veya kuyu bağlantısı da kontrol edilmelidir. Soğuk suda koku yok, sıcak suda varsa kaynak depo yerine şofben ya da termosifon hattında aranır.
Su deposu temizliği planlı biçimde yapılmalıdır. Önce tank tamamen boşaltılır. Dipte kalan tortulu su kullanım hattına verilmeden tahliye edilir. İç yüzeye erişim sağlandıktan sonra yumuşak ya da orta sertlikte fırça ile taban, yan duvarlar, kapak içi ve bağlantı çevresi temizlenir. Metal kazıyıcı, aşındırıcı toz, tiner, solvent veya ağır kimyasal ürünler yüzeye zarar verebilir. Temizlikten sonra uygun dezenfeksiyon işlemi yapılır. İçme ve kullanma suyu temasına uygun ürünler tercih edilir. Uygulama sonrası bol durulama gerekir. Durulama yetersiz kalırsa eski koku giderken kimyasal koku başlar. Tank doldurulduktan sonra birkaç musluk açılarak hat içindeki eski su dışarı atılır. Koku devam ediyorsa su kaynağı veya tesisat tarafında ek inceleme gerekir. Filtre kartuşları, şamandıra, taşma hattı, hidrofor emiş noktası ve vana grubu da kontrol edilmelidir. Eski filtre, temiz tankı kısa sürede tekrar kirletebilir.
Depo malzemesi, koku riskini tek başına belirlemez. Fakat yüzey kalitesi, temizlik erişimi ve kapak yapısı bakım kolaylığını ciddi biçimde etkiler. İç yüzey pürüzlü, çatlaklı ya da temizlenmesi zor ise kir daha hızlı tutunur. Kapak gevşekse dışarıdan toz, böcek ve yaprak girişi olur. Güneş alan açık konumlarda yosun oluşumu hızlanabilir. Tank çevresinde boya, yakıt, temizlik kimyasalı veya çöp bulunması da suya koku taşıyabilir. Polietilen yatay depo gibi alçak tavanlı alanlara uygun modellerde kapak erişimi, tahliye noktası ve zemin teması iyi kontrol edilmelidir. Yatay formda dipte tortu birikimi belli noktalarda yoğunlaşabilir. Tahliye vanası doğru yerde kalırsa temizlik daha rahat yapılır. Depo zemine doğrudan kirli, nemli veya eğimli bir yüzeyde oturuyorsa bakım zayıflar. Düz, temiz, su biriktirmeyen zemin kokuyla mücadelede beklenenden daha büyük rol oynar. Havalandırma deliği tamamen kapatılmamalı, toz ve haşere girişine karşı korumalı kalmalıdır.
Kesin çözüm, tek seferlik temizlikten çok düzenli bakım alışkanlığıdır. Su deposu yılda en az bir kez, yoğun kullanımda ya da kuyu suyu gibi tortu riski yüksek kaynaklarda daha sık kontrol edilmelidir. Koku, renk değişimi, bulanıklık, dip tortusu, kapak gevşemesi ve vana çevresi sızıntısı erken uyarı kabul edilir. Erken müdahale edildiğinde geniş temizlik ve uzun kullanım kesintisi ihtimali azalır. Tank kapasitesi günlük tüketime uygun seçilmelidir. Çok büyük hacim, düşük tüketimli yapılarda suyun uzun süre beklemesine neden olur. Su belirli aralıklarla yenilenmeli, uzun süre kapalı kalan yazlık ve bağ evlerinde sezon başında ilk su doğrudan kullanılmamalıdır. Hatlar bir süre akıtılır, tank kapağı kontrol edilir, filtreler temizlenir. Depo çevresinde kimyasal, çöp, hayvan yemi veya ağır kokulu ürün bırakılmamalıdır. Koku tekrar ediyorsa sadece tankı temizlemek yeterli gelmez. Su kaynağı analizi yapılır, tesisat hattı incelenir, sıcak su sistemi gözden geçirilir. Çürük yumurta benzeri koku bazı bakteri faaliyetleriyle ilişkilendirilebilir. Küf veya toprak kokusu organik kalıntı ve yosunla bağlantılı olabilir. Kimyasal koku ise çevresel temas ya da hat içi kalıntı ihtimalini düşündürür. Kalıcı çözüm, kokunun türünü doğru okumakla başlar. Temiz iç yüzey, sağlam kapak, taze su döngüsü, düzenli filtre bakımı ve doğru tahliye hattı bir araya geldiğinde depo kokusu büyük oranda kontrol altına alınır. Depo kokusu giderildikten sonra birkaç gün boyunca musluklardan gelen su gözlemlenmelidir. İlk dolum sonrası koku hafif dönüyorsa hat içinde kalmış eski su veya filtre kaynaklı tortu ihtimali güçlenir. Düzenli kayıt tutmak işin takibini kolaylaştırır. Temizlik tarihi, kullanılan ürün, değişen filtre ve fark edilen koku türü not edildiğinde sonraki bakım daha bilinçli yapılır. Küçük kontroller ihmal edilmediğinde tank daha uzun süre temiz kalır.